食用菌被认为是当前出口食品风险较高的产品之一，专家认为源头管理薄弱是造成食用菌农残超标的主要原因

从2002年的输日香菇含甲醛事件、2003年的日本《种苗法》、2004年的输欧盟香菇重金属镉超标事件、2006年的日本肯定列表制度，我国食用菌产业近年来堪称多事之秋，被认为是当前出口食品风险较高的产品之一。

从调查的情况来看，源头管理薄弱是造成食用菌农残超标的主要原因。主要表现在两个方面。首先是集约化标准化水平低，农户型基地依然是主体。农户型基地有三大缺点，一是与蔬菜等其他农作物交错栽培，容易受到污染；二是水源管理薄弱，许多菇农就地取用田间水，农药间接污染的机率大；三是管理难以到位，致使食用菌不合格率大为增加。其次，农业投入品管理存在盲区。一是食用菌营养添加剂管理不严。绝大部分食用菌营养添加剂都没有正式批文号，没有有效成份标示。二是无证农药仍在流通。在一些食用菌材料专营店中，一些无证杀虫剂比如“接种灵”等，仍在被广泛使用。三是蜡菇问题仍未得到有效解决。